Desde novembro de 1996, em um ofício enviado pelo Superintendente do Hospital das Clínicas (Prof. Dr. Marcos Felipe Silva de Sá) ao Presidente da Comissão de Graduação da FMRP-USP (Prof. Dr. Willian Alves do Prado), ficou clara a necessidade de se desenvolver o ensino de medicina fora dos muros do Hospital das Clínicas. Com esta ideia lançada, ao longo dos anos foi nascendo um Projeto Acadêmico de descentralização do ensino de graduação, elaborado por docentes da FMRP-USP.
O Projeto Assistencial inicial para este hospital foi baseado em dados de demanda reprimida fornecidos pelo DRS XIII e pelo HCFMRP-USP, propondo-se a ocupá-lo com atendimento de pacientes com indicação de internação e/ou procedimentos diagnósticos e cirúrgicos, identificados pelas Unidades Básicas/Distritais de Saúde dos 26 municípios da área de abrangência do DRS XIII, regulados pela Central de Regulação Regional do DRS XIII. A contrarreferência ficou também sob responsabilidade do DRS XIII com o acompanhamento posterior do tratamento do paciente, seja ele clínico ou cirúrgico, de responsabilidade dos municípios, seguindo as diretrizes estabelecidas pelo SUS.
De posse deste Projeto Acadêmico, e com os dados de demanda reprimida da antiga DIR XVIII (atual DRS XIII) e do HCFMRP-USP, garantindo a regionalização hierarquizada do Sistema Único de Saúde, o Hospital Estadual de Ribeirão Preto “Prof. Dr. Carlos Eduardo Martinelli” (HERibeirão), foi criado pelo Decreto Nº 52.698, de 07/02/2008, publicado na página 03 do Diário Oficial Poder Executivo – Seção I do dia 08/02/2008, e veio suprir a lacuna existente no nível secundário hospitalar.
Objetivando a operacionalização da gestão e execução das ações e serviços de saúde de um novo hospital regional de complexidade secundária: o HOSPITAL ESTADUAL DE RIBEIRÃO PRETO – HERibeirão, em 2008 foi firmado Convênio entre o Governo do Estado de São Paulo, por intermédio da Secretaria de Estado da Saúde, e o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP, com a interveniência da FAEPA, Processo nº 001.0100.000.752/2007 com vigência até dezembro de 2012.
Em meados de 2017 foi publicada a Resolução SS-90, de 19/10/2017, que dispõe sobre a realização de Convocação Pública das entidades privadas sem fins lucrativos, que já possuam qualificação como Organização Social de Saúde, nos termos da Lei Complementar nº 846, de 04 de junho de 1998, para que, na hipótese de comprovado interesse em celebrar Contrato de Gestão com a Secretaria de Estado da Saúde para gerenciar o Hospital Estadual de Ribeirão Preto “Dr. Carlos Eduardo Martinelli”.
A FAEPA apresentou tempestivamente a carta de interesse e em seguida a proposta para efetivação do contrato já na modalidade Contrato de Gestão entre o Governo do Estado de São Paulo, por intermédio da Secretaria de Estado da Saúde e a FAEPA – Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto.
O HERibeirão possui uma área total em terreno de 19.900 m² e atualmente uma área total construída de 6.880 m².
Foi inaugurado em 26 de março de 2008 pelo Sr. José Serra (Governador do Estado de São Paulo), Sr. Welson Gasparini (Prefeito do Município de Ribeirão Preto), Sr. Luiz Roberto Barradas Barata (Secretário de Estado da Saúde), Prof. Dr. Marcos Felipe Silva de Sá Diretor (Diretor da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP), Prof. Dr. Milton Roberto Laprega (Superintendente do Hospital das Clínicas da FMRP-USP), Prof. Dr. Jair Licio Ferreira Santos (Diretor Executivo da FAEPA) e Dr. José Paulo Pintyá (Diretor Geral do Hospital Estadual de Ribeirão Preto).
Em março de 2021 o Hospital Estadual de Ribeirão Preto “Dr. Carlos Eduardo Martinelli” – HERibeirão completa 13 anos desde sua inauguração.